Pajak Daerah merupakan salah satu sumber pendapatan asli daerah yang memiliki peranan yang sangat strategis dalam meningkatkan kemampuan keuangan daerah dan akan digunakan untuk keperluan daerah bagi sebesar-besarnya kemakmuran rakyat. Badan Pengelolaan Keuangan dan Pajak Daerah merupakan instansi yang berfungsi mengelola pendapatan daerah dari sektor pajak dan mengelola keuangan daerah Kabupaten Pulau Morotai.

BPKAD adalah layanan helpdesk terintegrasi milik BPKAD Kab. Pulau Morotai. Layanan BPKAD Mencakup layanan atas tugas dan fungsi BPKAD, termasuk Layanan Aplikasi seperti (SIMPAD, KSWPD dll)